(1)有機肥料含有大量的有機質，具有明顯的改土培肥作用;化學肥料只能提供作物無機養(yǎng)分，長期施用會對土壤造成不良影響，使土壤“越種越饞”。

(2)有機肥料含有多種養(yǎng)分，所含養(yǎng)分全面平衡;而化肥所含養(yǎng)分種類單一，長期施用容易造成土壤和食品中的養(yǎng)分不平衡。

(3)有機肥料養(yǎng)分含量低，需要大量施用，而化學肥料養(yǎng)分含量高，施用量少。

(4)有機肥料肥效時間長;化學肥料肥效期短而猛，容易造成養(yǎng)分流失，污染環(huán)境。

(5)有機肥料來源于自然，肥料中沒有任何化學合成物質，長期施用可以改善農產品品質;化學肥料屬純化學合成物質，施用不當能降低農產品品質。

(6)有機肥料在生產加工過程中，只要經過充分的腐熟處理，施用后便可提高作物的抗旱、抗病、抗蟲能力，減少農藥的使用量;長期施用化肥，由于降低了植物的免疫力，往往需要大量的化學農藥維持作物生長，容易造成食品中有害物質增加。

(7)有機肥料中含有大量的有益微生物，可以促進土壤中的生物轉化過程，有利于土壤肥力的不斷提高;長期大量施用化學肥料可抑制土壤微生物的活動，導致土壤的自動調節(jié)能力下降。